Al final de dicha temporada José Luis Real tomaría el mando del equipo y opta por darle más oportunidades en el primer equipo a los jóvenes de las fuerzas básicas. José Manuel de la Torre se mantuvo en el cargo por dos torneos más, hasta la jornada 9 del Apertura 2007, siendo reemplazado por Efraín Flores. A partir del Apertura 2009, el equipo caería en una racha de malos resultados, gestionados durante los períodos de Francisco Ramírez y Raúl Arias como técnicos.